El Plan Maestro del Paque Nacional Bahuaja Sonene (PNBS) muestra como objetivos el mantener las extensiones y calidad de los ecosistemas terrestres en las tres ecorregiones Yungas Blovianas (Bosques de Neblina), Sabanas del Beni (Pampas del Heath) y bosques Húmedos de la Amazónia Sur Occidental (Llanura Amazónica); asimismo mantener la calidad de los ecosistemas acuáticos - Cuencas del Río Tambopata y Heath, lagunas (cochas) y aguajales dentro del Parque Nacional; mantener las poblaciones de especies de flora y fauna utilizadas por el ser humano dentro del Parque Nacional, promover actividades sostenibles en beneficio de la población local y comunidades nativas vinculadas al PNBS, entre otros.